Hasta el siglo XIII, el término ciencia no se aplicaba a la teología. Agustín prefería el término sapientia (sabiduría) al scientia (conocimiento). Las ciencias tratan de temas temporales; la sabiduría se refiere a temas eternos, específicamente a Dios como bien supremo. La ciencia y el conocimiento pueden conducir a la sabiduría. Para que esto suceda, sin embargo, las verdades adquiridas por las ciencias específicas tendrían que ser ordenadas en relación con el bien supremo. Así pues la sabiduría, incluyendo la filosofía y la teología, puede servir como un principio de organización para el conocimiento.

Tomás de Aquino pensaba en la teología como reina de las ciencias. Mantenía que era un derivado de la ciencia, porque procede de los principios revelados por Dios. Es más noble que otras ciencias. La ciencia es en parte especulativa y en parte práctica. La teología sobrepasa a otras ciencias especulativas por su mayor certeza, basándose en la luz del divino conocimiento, que no puede inducir a error, mientras que otras ciencias derivan de la luz natural de la razón humana, que puede errar. Su objeto de conocimiento –las cosas que trascienden a la razón humana– es superior al de otras ciencias especulativas, que tratan de temas que están al alcance del ser humano. Es superior a las ciencias prácticas porque está destinada a la dicha eterna, que es el fin último al que toda ciencia se puede dirigir. A medida que lo que llamamos ciencia natural empezó a adquirir importancia, el concepto de ciencia se fue limitando de forma gradual; una disciplina tenía que cumplir criterios más rígidos para poder ser denominada ciencia. En particular, la ciencia ahora está restringida a los objetos que se pueden experimentar a través de los sentidos, que deben verificarse mediante el “método científico,” que emplea la observación y la experimentación, siguiendo estrictos procedimientos de lógica inductiva. Según esto la teología obviamente no es una ciencia, ya que trata objetos que no son perceptibles. Esto mismo les sucede a muchas otras disciplinas intelectuales. La teoría psicoanalítica de Sigmund Freud sobre la personalidad no es científica porque nadie puede ver, medir o probar entidades como el ello, el yo, y el superyó. Para poder ser considerada una ciencia, las disciplinas que tratan de las humanidades tienden a convertirse en behavioristas, basando su método, objetos y conclusiones en lo que se puede observar, medir y comprobar, en lugar de en lo que se puede conocer introspectivamente. Se espera que todas las disciplinas intelectuales se ajusten a estas características.

La teología, por lo tanto, se ve ante un dilema. O debe redefinirse para cumplir los criterios de la ciencia o debe demostrar que es algo que no cumple con las normas científicas, y así abandonar la pretensión de ser una ciencia, y también abandonar la pretensión de ser un conocimiento en el sentido de constar de proposiciones verdaderas sobre realidades objetivas (esto es, realidades que existen a pesar de que se las conozca o no).