No obstante, cuando se estudia la evidencia fósil se descubre que esta no corrobora en absoluto la doctrina del antepasado común. Ya el propio padre de la teoría de la evolución, el naturalista Charles Darwin, se dio cuenta en su tiempo de que no había fósiles suficientes, a medio camino entre las distintas especies, como para respaldar su teoría gradualista y achacó dicha pobreza a las pocas prospecciones realizadas. Sin embargo, abrigaba la esperanza de que tales fósiles aparecerían en el futuro. En "El origen de las especies" escribió: “si mi teoría es cierta, tienen que haber existido indudablemente innumerables variedades intermedias que enlacen estrechamente todas las especies del mismo grupo; (...) En consecuencia, solo pueden encontrarse pruebas de su existencia pasada entre los restos fósiles, los cuales se han conservado, (...) en un archivo sumamente imperfecto e intermitente”. Por desgracia para su teoría, las variedades intermedias fósiles, o los llamados eslabones perdidos siguen todavía perdidos, después de miles de prospecciones y de haber hallado más de 300.000 especies fósiles distintas. Ya no se puede decir que no se ha excavado lo suficiente. El registro fósil que existe hoy es abundante y no corrobora el gradualismo imaginado por Darwin. Esto lo admiten hasta los más grandes defensores del evolucionismo.