Hubo una época, en la que se decía que el registro fósil era pobre porque todavía no se había buscado bastante, pero que cuando se rastrearan mejor los estratos de rocas sedimentarias, se encontrarían muchos eslabones perdidos. Sin embargo, actualmente puede afirmarse que se ha encontrado más bien todo lo contrario. Por ejemplo, ahí tenemos la famosa explosión del Cámbrico. En un breve período de tiempo aparecieron de golpe todos los tipos básicos de organización que conocemos hoy y algunos más que se extinguieron después. Este hecho comprobable le da por completo la vuelta al famoso árbol de la evolución darwinista. El propio Carlos Darwin decía que el árbol de la evolución quizás debió originarse a partir de una sola célula que apareció en el mar primitivo y, a partir de ahí, se fue diversificando dando lugar a todos los serse vivos actuales. Sin embargo, lo que tantos fósiles demuestran es que en el pasado existieron muchos más tipos básicos de organismos que en la actualidad y que, a pesar de eso, no se ha encontrado ninguna forma que sea significativamente intermedia entre los distintos tipos fundamentales.

Este problema del registro fósil llegó a ser tan grave que algunos científicos evolucionistas, como el famoso paleontólogo, Stephen Jay Gould, llegaron a perder la fe en la selección natural darwinista. Las evidente lagunas que mostraban los fósiles y el hecho de que la mayoría de las especies aparecieran ya perfectamente formadas en los estratos, le hicieron dudar de que el gradualismo y la selección natural de Darwin fuera la causa de la evolución. De ahí que Gould propusiera su nueva “teoría de los equilibrios puntuados” en la que supuestamente la evolución no avanzaría gradualmente, como sugirió Darwin, sino mediante saltos mutacionales bruscos seguidos por largos períodos de estasis en los que no habría cambio biológico o evolución.

De manera que quizás la evolución de las especies pudiera parecerse a la vida de un soldado, “largos períodos de aburrimiento seguidos por breves instantes de terror”. Pero, ¿dónde podrían ocurrir tales macromutaciones bruscas? Gould dijo que quizás podrían haberse producido en los embriones, por lo que sería muy difícil detectarlas en los ejemplares fósiles. En otras palabras, la antigua teoría ya abandonada de que “algún día un reptil puso un huevo y lo que salió del huevo fue un pollito” volvía a contemplarse como posibilidad real. Ciertas macromutaciones embrionarias podrían haber contribuido a que nacieran ejemplares significativamente diferentes a sus progenitores. El problema es que no habría manera de verificar semejante hipótesis ya que apenas hay fósiles de embriones tan bien conservados como para estudiar tales divergencias. De ahí que actualmente los autores más eclécticos digan que quizás el cambio evolutivo se haya producido unas veces de forma gradual y otras según el equilibrio puntuado. Aunque, lo cierto es que ni el gradualismo de Darwin ni el equilibrio puntuado de Gould pueden explicar las muchas lagunas que muestra el registro fósil. Esto no lo dicen los creacionistas, ni los partidarios del Diseño inteligente, sino los propios biólogos evolutivos.