El naturalismo afirma que la mente humana equivale, o es igual, al cerebro. Sin embargo, la neurociencia es incapaz de justificar o demostrar tal afirmación. Algunos de los estudiosos de la mente más destacados del mundo, como el neurocirujano canadiense, Wilder Penfield, y el neurofisiólogo australiano, John Eccles, estaban convencidos de que la mente es algo inmaterial y que quienes afirman lo contrario, anteponen su naturalismo previo a la evidencia científica. El hecho de que dos acontecimientos estén correlacionados no implica necesariamente que sean idénticos. Que la mente humana haga servir las neuronas del cerebro, no significa que mente y neuronas sean lo mismo.

Por otro lado, decir que como mente sin cuerpo Dios no puede existir es como decir que los únicos seres inteligentes que conocemos están en la Tierra y, por lo tanto, no puede haber seres inteligentes fuera de la Tierra. Es un razonamiento sumamente endeble. Puede que haya extraterrestres inteligentes, o puede que no (no lo sabemos, la ciencia no ha descubierto nada al respecto) pero, de cualquier modo, éste no parece un buen argumento lógico. Negar la posibilidad de que exista inteligencia extraterrestre en algún rincón del universo, porque no tenemos constancia de ello, es como negar la existencia de Dios porque nadie le ha visto jamás. Se trata de un argumento débil porque Dios puede existir aunque ningún ser humano le haya visto directamente.

Por otro lado, si Dios estuviera limitado a un cuerpo físico, no sería Dios. Como dice el evangelista Juan (4:24): "Dios es Espíritu; y los que le adoran, en espíritu y en verdad es necesario que adoren". Esto es lo que se puede responder desde la sola razón: el hecho de no ver a Dios no demuestra que no exista.

Ahora bien, desde otra perspectiva diferente, desde la Biblia, nos encontramos con el apóstol Pablo, quien escribiendo a la iglesia de Corinto, les dice: "Pero el hombre natural no percibe las cosas que son del Espíritu de Dios, porque para él son locura, y no las puede entender, porque se han de discernir espiritualmente. En cambio el espiritual juzga todas las cosas; pero él no es juzgado de nadie. Porque ¿quién conoció la mente del Señor? ¿Quién le instruirá? Mas nosotros tenemos la mente de Cristo” (1 Co 2:14-16). Según Pablo, tanto la mente de Dios, como la mente de Cristo, existen independientemente de que nosotros creamos en ellas o no. El problema es que la persona natural (escéptica por naturaleza), que vive como si no hubiera nada más allá de esta vida material, es incapaz de entender las cosas espirituales. Pero, debemos tener cuidado con esto. Es fácil llegar a involucrarse tanto en las cosas de este mundo, acostumbrarse a las ideas y las actitudes del hombre y la mujer natural, que lleguemos a perder de vista la realidad trascendente de nuestra existencia. Debemos pedirle a Dios que nos dé la mente de Cristo, porque solo cuando él vive en nosotros estamos a salvo de ser absorbidos por las cosas materiales, las dudas y el escepticismo.