A principios del siglo XIX, el teólogo William Paley presentó su famoso argumento del relojero. Encontrar un reloj en el campo sería indicio de un diseño deliberado más que de la obra de factores puramente naturales. Paley decía que los organismos vivos presentan las mismas propiedades de diseño que un reloj fabricado por el hombre. En su obra más famosa , Teología Natural o Pruebas de la existencia y los atributos de la Deidad, sostenía que ciertas propiedades biológicas de la naturaleza llevan la impronta de un Diseñador, así como también los engranajes de un reloj hablan de la existencia de un relojero.

Hasta la publicación en 1859 de El origen de las especies, de Charles Darwin, la mayoría de los científicos y los filósofos estaban convencidos de que el diseño en biología era evidente. Sin embargo, como señala el biólogo evolucionista Francisco José Ayala: “El mayor logro de Darwin fue mostrar que la complejidad y funcionalidad de los seres vivos era el resultado de un proceso natural -la selección natural- sin necesidad de recurrir a la existencia de un Creador u otro agente externo.” Desde entonces, el darwinismo ha sido la opinión dominante.

A pesar de la gran aceptación de que goza el darwinismo, la teoría del D.I. le plantea un reto ineludible. En realidad, hay muchas pruebas irrefutables que corroboran el diseño en biología. En el pasado, los argumentos a favor del diseño fracasaron en gran medida porque no se contaba con métodos precisos para determinar si algo había sido diseñado o no. Hoy en día, sin embargo, es posible formular una teoría del D.I. porque se ha desarrollado un método científico riguroso para detectar el diseño: la complejidad específica.