Pero, ¿se trata en realidad de un caso de diseño imperfecto o, más bien, de todo lo contrario? De hecho, el peculiar pulgar del panda parece ser un instrumento más que eficiente para pelar las cañas de bambú. ¿Cómo sabe Gould lo que debería hacer un “Dios sensato”, sobre todo teniendo en cuenta que él no ofrece ningún ejemplo de diseño alternativo que mejore la función de ese dedo del animal? En la gran mayoría de los casos, cuando el darwinismo encuentra imperfecciones en el diseño biológico, este diseño obedece a buenas razones funcionales y, curiosamente, no se suele detallar de qué manera podría mejorarse.

Más preocupante es, sin embargo, el reto planteado por el problema del mal natural. Como todo el mundo sabe, en la naturaleza hay enfermedades, descomposición y muerte. Existen parásitos que parecen haber sido diseñados malévolamente para dañar a otros organismos. Preocupado por esta perversidad de la naturaleza, Darwin escribió en "El origen de las especies": "No puedo convencerme de que un Dios bueno y omnipotente pudiera haber creado deliberadamente los icneumónidos (un tipo de avispas parásitas) con la expresa intención de alimentarse de los cuerpos vivos de las orugas". Para responder al reto del diseño maligno, necesitamos tener claras dos cosas:

1. La malignidad de un determinado diseño no desmiente que tal diseño exista en realidad. Se pueden tener dudas acerca de la moralidad del diseñador, pero no se puede rebatir la existencia del diseño como tal, que puede ser demostrado mediante métodos científicos.

2. Como cristianos, creemos que el diseño maligno que vemos en la naturaleza no representa el plan original de Dios para la creación, sino que muestra su corrupción por causa del pecado de la humanidad.

El cristianismo siempre ha enseñado que el ser humano habita en un mundo caído, distinto al que Dios originalmente tuvo en mente. El mal natural que observamos a nuestro alrededor, así como el mal moral que nos provocamos unos a otros no forman parte del proyecto divino para nosotros, sino que constituyen las consecuencias que sufrimos por causa del pecado.