Parece que en los tiempos del Nuevo Testamento la gente escogía a sus ancianos, hombres a los que consideraba particularmente cualificados para dirigir la iglesia. Esta práctica parece ser coherente con su manera de ocupar los demás puestos. Toda la congregación eligió como candidatos a Barsabás y a Matías para reemplazar a Judas entre los apóstoles, la elección final se hizo echándolo a suertes (Hch. 1:23-26). El grupo orando pidió que Dios utilizase el echar a suertes para revelar quién era el hombre que él ya había elegido. De forma similar, todo el cuerpo de creyentes de Jerusalén escogió a los siete hombres “llenos del Espíritu Santo y de sabiduría” para ayudar a los apóstoles (Hch. 6:3). A este respecto, el procedimiento del Nuevo Testamento era bastante diferente de la selección de ancianos de la sinagoga, que básicamente era una asunto de quién era más anciano.

Al seleccionar a los ancianos para dirigir la iglesia, la gente era consciente de confirmar, mediante un acto externo, lo que el Señor ya había hecho. La iglesia estaba ejercitando de parte de Cristo el poder o autoridad que él había delegado en ella. Que Dios escoge a los líderes de su iglesia se indica en varios lugares del Nuevo Testamento. En Hechos 20:28 Pablo urge a los ancianos de Éfeso: “Por tanto, mirad por vosotros y por todo el rebaño en que el Espíritu Santo os ha puesto por obispos para apacentar la iglesia del Señor, la cual él ganó por su propia sangre.” Escribe a los corintios: “Y a unos puso Dios en la iglesia, primeramente apóstoles, luego profetas, lo tercero maestros, luego los que hacen milagros, después los que sanan, los que ayudan, los que administran, los que tienen don de lenguas” (1 Co. 12:28). Asumimos que los oficios de obispo y anciano están implícitos en esta lista. Otras indicaciones de que Dios escoge a los que realizan los oficios en su iglesia son Mateo 16:19; Juan 20:22-23 y Efesios 4:11-12.

Se tiene que entender que la autoridad de Cristo se dispensó a los creyentes individuales y ellos la delegaron a los ancianos que los representan. Una vez elegidos, los ancianos actúan en función o en lugar de los creyentes individuales. Por lo tanto, es a nivel de los ancianos que la autoridad divina funciona realmente dentro de la iglesia.

Esta autoridad es ejercida en una serie de asambleas de gobierno. A nivel de iglesia local, la sesión (presbiteriana) o el consistorio (reformada) es el grupo de toma de decisiones. Todas las iglesias de una zona son gobernadas por el presbiterio (presbiteriana) o clasis (reformada) que está formado por un anciano no ministro y un ministro de cada consistorio (reformada) o por un anciano no ministro de cada sesión y todos los ministros del área (presbiteriana). La siguiente agrupación es el sínodo, formado por igual número de ancianos no ministros y de clérigos escogidos por cada presbiterio o clasis. En su nivel más alto, la iglesia presbiteriana tiene también una Asamblea general, compuesta una vez más por no ministros y por clérigos que representan a los presbiterios. Fíjese que en el proceso se deja de lado a los sínodos; no escogen representantes para la Asamblea general. Las decisiones son tomadas por el cuerpo de gobierno en cada nivel. Estas decisiones están sujetas al visto bueno y revisión del nivel superior siguiente. En este proceso no se trata tanto de producir o legislar la acción como tal, particularmente en los contextos conservadores, como de interpretar y aplicar las enseñanzas explícitas de Cristo y las directrices de la iglesia.

Las prerrogativas de cada uno de los cuerpos gubernativos se explican en la constitución de la denominación. Por ejemplo, la sesión de cada iglesia local escoge a su pastor. Sin embargo, el presbiterio debe confirmar esta elección. El presbiterio también conserva la escritura de la propiedad que utiliza la congregación local, aunque esta política está siendo modificada de alguna manera por algunos casos legales recientes. Ningún grupo tiene autoridad sobre los grupos de su mismo nivel. Por ejemplo, ningún presbiterio tiene autoridad sobre otro presbiterio. Sin embargo, puede que se pida la actuación de un sínodo cuando dos presbiterios en disputa pertenecen a un mismo sínodo; si no, se puede pedir la actuación de la Asamblea general. De la misma manera, una sesión que no está de acuerdo con otra dentro de su mismo presbiterio puede plantear su caso ante el presbiterio.

El sistema presbiteriano se diferencia del episcopal en que hay un único nivel de clerecía. Sólo está el anciano que enseña o pastor. No existen niveles superiores, como el obispo. Por supuesto, ciertas personas son elegidas para puestos administrativos dentro de las asambleas dirigentes. Son elegidas (desde abajo) para presidir o supervisar, y generalmente tienen un título como oficial administrativo del presbiterio. No hay obispos, ya que no hay una ordenación especial para tal oficio. No hay autoridad especial vinculada al oficio. El único poder que tienen estas personas es un poder ejecutivo para llevar a cabo las decisiones del grupo que los eligió. Por tanto la autoridad pertenece al cuerpo elector, no al oficio o a los que lo ocupan. Es más, existe una duración de servicio limitada, de manera que la ocupación del puesto depende de la intención continuada y de la voluntad del cuerpo.

En el sistema presbiteriano, hay una coordinación deliberada entre clérigos y laicos. Los dos grupos se incluyen en todas las asambleas de gobierno. Ninguno tiene poderes o derechos especiales de los que carezca el otro. Sin embargo, se hace una distinción entre los ancianos dirigentes (laicos) y los ancianos que enseñan (clérigos). Esta distinción no era tan clara en los tiempos bíblicos. Porque mientras que la mayoría de la enseñanza (el trabajo de los clérigos) era realizado por los apóstoles, los profetas y los evangelistas, algo lo hacían los ancianos dirigentes, como se indica en 1 Timoteo 5:17: “Los ancianos que gobiernan bien, sean tenidos por dignos de doble honor, mayormente los que trabajan en predicar y enseñar.” Aunque este versículo indica que los ancianos dirigentes se implicaban en la enseñanza, también sugiere que ya se producía cierta especialización. Como los apóstoles gradualmente habían ido desapareciendo de la escena y habían ido apareciendo interpretaciones heréticas, iba creciendo la necesidad de una enseñanza con autoridad. Por tanto, apareció el oficio de anciano que enseña. Ciertas personas fueron liberadas de otras actividades para que pudieran prestar toda su atención y energía a la correcta interpretación y enseñanza del significado de la Palabra.

Los defensores de la forma presbiteriana de gobierno de la iglesia hacen una fuerte defensa de esta forma de gobierno. Su argumento comienza con la observación de que la sinagoga judía estaba dirigida por un grupo de ancianos y que la iglesia cristiana, al menos en sus inicios, funcionó dentro de la sinagoga. Su gente evangelizó allí y evidentemente organizó sus asambleas de forma similar. Aparentemente había una especie de consejo de gobierno o comité. Pablo suplica a los tesalonicenses: “Os rogamos, hermanos, que reconozcáis a los que trabajan entre vosotros y os presiden en el Señor y os amonestan” ( 1 Ts. 5:12). El escritor de Hebreos exhorta a sus lectores: “Obedeced a vuestros pastores y sujetaos a ellos, porque ellos velan por vuestras almas como quienes han de dar cuenta” (He. 13:17). La decisión del concilio de Jerusalén (Hch. 15) es un ejemplo de este tipo de gobierno de iglesia en acción.

Es más, el sistema presbiteriano de gobierno conserva varios principios esenciales de gobierno del Nuevo Testamento:

1. El señorío de Cristo. En el sistema presbiteriano, su voluntad y su Palabra son el estándar último por el que la iglesia determina sus acciones.

2. Se conserva el principio de participación del pueblo. Tienen acceso directo a Dios y derecho a expresar sus opiniones personales. Tercero, el sistema presbiteriano mantiene el concepto de corporativo: cada individuo forma parte del cuerpo.

3. El poder de la iglesia local reside en un grupo, los ancianos, no en un ministro o anciano que recibe su autoridad de un obispo.

Las objeciones críticas proceden especialmente de aquellos que defienden un tipo de gobierno de iglesia más individualista o congregacional. Están en contra de que el sistema presbiteriano esté basado en una jerarquía de cuerpos gobernantes para la que hay poco o ningún apoyo en las Escrituras. Además, rechazan que el gobierno presbiteriano no conceda a cada uno de los creyentes un puesto adecuado en el gobierno de la iglesia. Aunque el presbiterio y la sesión son en teoría siervos y representantes de los creyentes individuales, muy bien pueden asumir papeles directivos. Muchas decisiones que podrían ser delegadas a los miembros de la iglesia en su conjunto no lo son. Por tanto, aunque intentan representar y llevar a cabo la autoridad de los creyentes individuales, la estructura presbiteriana de gobierno de la iglesia en ocasiones usurpa esa autoridad.