Pero incluso tomando en consideración estos pasajes, la cantidad de referencias relevantes es bastante escasa. Simplemente podríamos detenernos en este punto y afirmar que dado que la Biblia confirma el nacimiento virginal no una vez, sino dos, es prueba suficiente. Ya que creemos que la Biblia es inspirada y es autoridad, Mateo 1 y Lucas 1 nos convencen de que el nacimiento virginal es un hecho. Sin embargo, también tenemos que tener en cuenta que en lo que se refiere a la verdad histórica del nacimiento virginal, esto es, en lo que se refiere a un evento que ocurre en un momento concreto del espacio y el tiempo, en principio es algo que puede ser confirmado o negado por los datos de la investigación histórica.

Señalamos, primero, la integridad básica de los dos pasajes pertinentes. Las dos referencias explícitas, y especialmente Mateo 1:20-21 y Lucas 1:34; son partes integrales de la narrativa en la que suceden; no son inserciones o interpolaciones. Es más, Raymond Brown cree que entre las narrativas de la infancia y el resto del libro en el que aparece hay una continuidad de estilo (por ejemplo, el vocabulario, la fórmula general de citación) y de tema.

Además, se puede argumentar que los dos relatos del nacimiento de Jesús, aunque claramente independientes uno del otro, son similares en tantos puntos (incluida la virginidad de María) que debemos concluir que en esos puntos ambos surgieron independientemente de una narración común anterior a cualquiera de ellos; al tener más antigüedad, tienen mayor garantía de historicidad. Brown ha recogido una lista de once puntos que tienen en común los relatos de Mateo y Lucas. Entre los puntos más significativos en los que difieren, Brown señala las referencias de Lucas a la historia de Zacarías, Isabel y el nacimiento de Juan el Bautista, el censo, los pastores, la presentación del niño Jesús en el templo, y las enseñanzas de Jesús allí a los doce años. Por otra parte, Mateo tiene la historia de los Magos guiados por una estrella hacia el niño, la matanza de los niños por Herodes, y la huida a Egipto. Que a pesar de esta diversidad los dos relatos se refieran específicamente a la concepción virginal es una pista fuerte de que para este asunto en particular ambos dependen de una única tradición anterior. Un punto adicional de autentificación se relaciona con el carácter judío de estas porciones de los evangelios. Entonces, desde la perspectiva de la crítica de las formas, la tradición del nacimiento virginal apareció muy pronto en la historia de la iglesia, cuando se encontraba principalmente bajo la influencia judía en lugar de la griega.

¿De dónde procede esta tradición? Una respuesta que se ha dado es que surge de fuentes extra-bíblicas, extra-cristianas, como los mitos que se encuentran en las religiones paganas y el judaísmo precristiano.  No obstante, los paralelismos con otras religiones son bastante superficiales y las supuestas fuentes difieren significativamente de los relatos bíblicos. Además, existen serias dudas de que los primeros cristianos conocieran o aceptaran la mayoría de ellos. Por lo tanto, esta teoría debe ser descartada.

En el pasado era común atribuir la tradición a José y María, que, después de todo, eran los únicos que sabían las cosas de forma directa. Así, el relato de Mateo se atribuía a José y el de Lucas a María. Cuando se observa desde la perspectiva de lo que se menciona y lo que se omite, esta hipótesis tiene bastante sentido. Pero Brown argumenta que José, que al parecer ya había muerto en los tiempos en que Jesús estaba haciendo su ministerio público, no se puede considerar una fuente para la tradición. Y María no parece haber estado muy cercana a los discípulos durante el ministerio de Jesús, aunque aparentemente formó parte de la comunidad tras la resurrección. Brown declara que aunque no es imposible que ella fuera la fuente del material para la narración de la infancia de Jesús en Lucas, no es muy probable que fuese ella la que suministró el material para el relato de Mateo, porque no parece estar contado desde su punto de vista. Así que Brown concluye que “no sabemos con certeza si alguno o todos los materiales sobre la infancia de Jesús proceden de una tradición para la cual había un testigo corroborador.”

A pesar de los argumentos de Brown es difícil aceptar sus conclusiones. El argumento de que José no puede ser considerado fuente de la tradición del nacimiento virginal porque ya estaba muerto cuando Jesús desarrolló su ministerio, aunque es un argumento del silencio, probablemente es técnicamente correcto. No era una fuente directa. Sin embargo, esto no quiere decir que sus experiencias personales sobre el nacimiento de Jesús no hayan sido conocidas por la comunidad temprana. ¿No tenía José conocidos en los que podría haber confiado y que acabaran convirtiéndose en creyentes y parte de la comunidad cristiana? ¿Y nunca hablaron María y él? También se deja de lado con demasiada rapidez el papel de María. Si, como admite Brown, hay evidencias en el Nuevo Testamento de que María formó parte de la comunidad después de la resurrección (Hch. 1:14), ¿no es una fuente probable de la tradición?

No deberíamos rechazar con tanta facilidad la posibilidad de que otros miembros de la familia de Jesús hayan tenido también su parte. Se ha observado que el Protoevangelio de Santiago, supuestamente un relato del nacimiento de Jesús escrito por uno de sus hermanos, es bastante folklórico y comete errores elementales sobre asuntos del procedimiento en el templo. Pero del hecho de que sea un escrito apócrifo poco fiable ¿se debe concluir que el auténtico Santiago, que Brown admite que llegó a los años sesenta, no puede ser una fuente fiable de una tradición correcta? El mismo Brown hace una sugerencia coherente a este respecto en un escrito anterior:

"Una tradición familiar sobre la manera en que fue concebido Jesús puede haber dado apoyo a la solución teológica [al problema de cómo Jesús pudo haber nacido libre de pecado]. Aunque no hay manera de probar la existencia de esa tradición privada, la notoriedad de los parientes de Jesús en la iglesia de Jerusalén –por ejemplo Santiago, el hermano del Señor– nos debería prevenir sobre hasta qué punto los cristianos eran libres, al menos hasta los años 60, para inventar tradiciones familiares sobre Jesús".

Si excluimos la familia como fuente de la tradición, tenemos el complicado problema de saber de dónde procede realmente. Hemos señalado que la hipótesis de una fuente extra-bíblica adecuada. Por tanto concluimos que “es difícil explicar cómo surgió la idea si no fue del hecho.” Aunque para nosotros no es necesario establecer la fuente exacta de la tradición, la familia de Jesús sigue pareciendo una posibilidad bastante probable.

También deberíamos señalar que aparentemente desde muy pronto se cuestionó la legitimidad de Jesús. En la polémica anticristiana de Celso (en torno a 177-180) se acusa a Jesús de ser hijo ilegítimo de María y de un soldado romano llamado Pantera, y de que el mismo Jesús había inventado la historia del nacimiento virginal. Que se creyera que la obra de Celso estaba basada en fuentes judías argumenta en favor de una tradición temprana sobre el nacimiento virginal.

Sin embargo, incluso en el Nuevo Testamento hay indicaciones de que se cuestionaba la legitimidad de Jesús. En Marcos 6:3 Jesús es identificado por la gente de su pueblo como “el hijo de María” cuando lo esperable es que se le conociese como “el hijo de José.” Para algunos, esto se considera una referencia a la tradición de que José no era el padre de Jesús; su idea se ve fortalecida por la declaración de que la gente del pueblo se sintió ofendida ante Jesús. Normalmente en aquel tiempo cuando una persona era identificada, se hacía diciendo quién era su padre. Cuando se identificaba a un hombre con el nombre de su madre era porque su paternidad era incierta o desconocida. Brown argumenta que el hecho de que los hermanos de Jesús sean mencionados también en Marcos 6:3 es un signo de normalidad que va en contra de la designación de “hijo de María” como evidencia de ilegitimidad de Jesús, porque la legitimidad de sus hermanos y hermanas también se habría cuestionado. Sea o no válida la conclusión de Brown, queda claro que la evidencia del texto no es concluyente. La existencia de variantes (por ejemplo, “el hijo del carpintero”) es otra advertencia en contra de extraer conclusiones apresuradas.

Otro texto que trata este tema es Juan 8:41, donde los judíos le dicen a Jesús “nosotros no hemos nacido de fornicación.” El uso del pronombre enfático 'hēmeis' se puede interpretar como una alusión: “no somos nosotros los que hemos nacido de fornicación.”

No sería sorprendente que hubiera rumores de que Jesús era ilegítimo, ya que según los relatos de Mateo y Lucas, Jesús fue concebido después de que María se prometiera con José, pero antes de que estuvieran juntos oficialmente. Por lo tanto nació embarazosamente pronto. En especial Mateo puede haber incluido la historia que encontramos en 1:18-25 porque circulaban rumores de ilegitimidad. También se puede deber al deseo de mantener tanto el respeto a los padres de Jesús como la convicción de que Jesús carecía de pecado. Desde luego las indicaciones de que se creyera que Jesús era ilegítimo son coherentes con la concepción virginal. Por supuesto, no la verifican, ya que otra opción lógica de estas indicaciones sería que Jesús realmente fuera ilegítimo. Pero al menos podemos afirmar que todas las evidencias bíblicas dejan claro que José no era el padre natural de Jesús.