Hebreos era cuestionado en el occidente debido a que no se sabía quién había sido su autor, es decir, se dudaba de su autoridad apostólica. En el oriente fue aceptado por el hecho de alegarse su origen paulino. El libro de Santiago era objeto de controversia por varios factores: había dudas respecto de la identidad del autor, además del significado de las doce tribus en la dispersión, y la escasez de una enseñanza marcadamente cristiana en lo doctrinal. Es decir, el libro tenía un fuerte olor a legalismo.

Por su parte, las dudas tocante a la segunda Epístola de Pedro se debían a su diferencia de estilo y de vocabulario, en comparación con la primera Epístola de Pedro, además, parece que tuvo una circulación limitada. Segunda y Tercera de Juan eran cuestionadas por su brevedad, su carácter extremadamente personal y la relativamente poca trascendencia de su contenido. La epístola de Judas fue objeto de disputa porque se alegaba que el autor no tenía autoridad apostólica. Finalmente los que rechazaban el Apocalipsis lo hacían por la diferencia de estilo que este libro tiene con el Evangelio de Juan.

Además de estos libros cuestionados, había una vasta cantidad de literatura escrita en los primeros años del cristianismo. Algunos de estos escritos fueron aceptados por algunos líderes eclesiásticos, pero a la larga, estas obras fueron rechazadas por ser consideradas no canónicas. Un grupo de escritos fue agrupado como los "Padres apostólicos" y contenía los siguientes libros: 1 y 2 Clemente, las Epístolas de Ignacio, la Epístola de Policarpo a los Filipenses, el Martirio de Policarpo, la Dídaje, la Epístola de Bernabé, el Pastor de Hermas y la Epístola a Diogneto.

Otro grupo, llamado "La Apócrifa del Nuevo Testamento" consistía de obras espúreas escritas con los nombres de los apóstoles y otros personajes famosos. Estas obras pretendían dar información acerca de Jesús y los apóstoles, datos que no se encontraban en las escrituras canónicas. Se escribieron evangelios bajo los nombres de María, José, Marción, Felipe, Bartolomé, Pedro, Mateo y Tomás. Otros libros escritos fueron los Hechos de Andrés, Bernabé, Santiago, Juan, Pablo, Pedro, Felipe, Pilato, Matías y Tomás. También se escribieron los apocalipsis de Santiago, Pablo, Pedro, Tomás, Esteban y la Virgen.

Todos estos escritos fueron rechazados por la iglesia; la razón es que carecían del elemento de verdad. La propia naturaleza de estas obras las descalificaron de su pretensión de autoridad divina.