El creador del panenteísmo fue el filósofo alemán, Karl Christian Friedrich Krause (1781-1832), que fue hijo de un pastor protestante. Su intención fue conciliar el teísmo tradicional con el panteísmo y el deísmo. Si para el teísmo tradicional Dios es el soberano creador del mundo a partir de la nada (creatio ex nihilo) –que es absolutamente independiente de su creación, único, inmutable y perfecto–, para el panenteísmo, Dios sería solo el director del mundo que lo habría hecho trabajando a partir de la materia preexistente y dependiendo continuamente de ella. Por tanto, Dios sería finito y se iría transformando con el mundo, perfeccionándose poco a poco. A medida que las almas humanas adquieren conocimiento del entorno, aprenden y crecen en sabiduría, Dios iría también creciendo en ciencia y poder creando progresivamente más cosas para nuestra mejora moral e intelectual. El creador aprendería y crecería de la misma manera que lo hacemos nosotros, aunque en ese proceso jamás alcanzaría la omnisciencia y omnipotencia. De ahí que al panenteísmo se lo denomine también la teología del proceso, puesto que Dios siempre estaría evolucionando. Durante el siglo XX, la ideología panenteísta fue adoptada por ciertas corrientes del judaísmo y el cristianismo. La teología de la liberación, en América Latina, constituye también una mezcla de panenteísmo, catolicismo y marxismo.

La principal dificultad que presenta el panenteísmo, cuando se le compara con el cristianismo, es que no proporciona un fundamento suficientemente válido para la moralidad. La Biblia afirma que Dios es el origen de la moral, la fuente que establece lo que está bien y lo que no, sin embargo, si Dios estuviera siempre evolucionando, lógicamente los principios morales también cambiarían. Esto haría que estos se diluyeran hasta desaparecer y surgieran otros nuevos con cada cultura. Si tal cosa fuera así, ¿hasta qué punto se deberían seguir los preceptos morales dados por Dios? ¿En base qué se podría juzgar una determinada conducta como inmoral, si con el transcurso del tiempo puede que se convirtiera en moral? Esto es precisamente lo que está ocurriendo hoy en el mundo occidental. La moral de la sociedad evoluciona y cierta teología con visos panenteístas pretende que los preceptos morales de Dios también cambien para adecuarse a la moralidad moderna. No obstante, la moral que propone el panenteísmo carece de autoridad para imponer un sistema moral, ya que elimina la fuente estable que brota del Altísimo para beber de aquella otra que sale de las modas humanas cambiantes. Además, el panenteísmo tampoco explica aspectos del mundo relacionados con los argumentos cosmológico, del diseño y moral.