Ireneo de Lyon en Calia (alrededor del año 185) citó como canónicos veintidós escritos de nuestro Nuevo Testamento, más el Pastor de Hermas, pero tenía reservas con respecto a Hebreos, 3 Juan, 2 Pedro, Santiago y Judas. Clemente de Alejandría (150-215) escribió comentarios de todos los escritos canónicos, incluyendo aquellos en disputa, y hasta comentó sobre la Epístola de Bemabé y el Apocalipsis de Pedro. No obstante, Clemente marcaba una clara distinción entre lo canónico y lo apócrifo cuando se trataba de los Evangelios. Tertuliano, por su parte, confirmó casi la misma lista de libros canónicos presentada por Ireneo. Incluso Tertuliano rehusó utilizar cualquier evangelio que no sea uno de los que la iglesia reconoce como inspirados y de autoridad divina. Hablando sobre el testimonio de estos tres eruditos de casi finales del siglo II, Everett F. Harrison manifiesta que "es suficiente para establecer que existía un cuerpo de escritos normativos reverenciado por toda la iglesia".

En el siglo III, Orígenes viajó extensamente por Roma, Grecia, Asia Menor. Egipto y Palestina para evaluar los libros que consideraban auténticos las iglesias. El erudito alejandrino descubrió que las opiniones variaban en cuanto a cuáles eran reconocidos, disputados o falsos. 

En días de Eusebio de Cesarea (270-340), el Nuevo Testamento no era todavía una unidad cerrada. En esta época los padres citaban a veces como Escritura a los dichos de Jesús, aunque no estuvieran consignados en los Evangelios canónicos. También a veces citaban evangelios no canónicos y libros como la Epístola de Bernabé, 1 Clemente, la Didaje, los Hechos de Pablo, el apocalipsis de Pedro y el Pastor de Hermas.

Hasta mediados del siglo IV no se consideraba necesario que los concilios se pronunciaran sobre el canon. En este período, Cirilo de Jerusalén y Gregario de Nacianzo coincidían acerca de veintiséis de nuestros veintisiete libros neotestamentarios. Ambos eruditos excluían de su lista el libro de Apocalipsis. En el oriente, el documento decisivo en la fijación del canon fue la trigésima novena carta pascual de Atanasio en el año 367. En el occidente, el canon se fijó por decisión del Concilio de Cártago en el año 397. Esta fue la única vez que un concilio de la iglesia formalmente legisló sobre el canon.

Así que la formación del canon del Nuevo Testamento no fue una decisión conciliar. El primer concilio ecuménico -de Nicea en el año 325 d.C.- no discutía el canon. Parece que el Concilio de Cártago se limitara a decretar que solo los escritos canónicos debían ser leídos como Escritura en las iglesias. Luego presentó la lista de los veintisiete libros que eran considerados canónicos por consenso de uso en las iglesias. Por lo tanto, la formación del canon neotestamentario era un proceso y no un evento, un asunto histórico más que una decisión de la jerarquía eclesiástica. La iglesia no formó el canon sino meramente reconoció la inspiración divina de los libros neotestamentarios. El mismo Espíritu Santo que inspiró las Escrituras, también dio testimonio en el corazón de sus lectores de que ésas eran la palabra verdadera de Dios.