Sin embargo, algunos de los defensores y aliados de Cirilo posicionados más a la derecha creían que éste había hecho demasiadas concesiones al nestorianismo. El fuerte énfasis que ponía en el compromiso en las dos naturalezas les parecía que minaba la unidad de la persona de Jesús. En consecuencia, la idea de que no poseyese dos naturalezas, una divina y una humana, sino sólo una, empezó a hacerse popular entre ellos. Después de la muerte de Cirilo en 444, el insatisfecho grupo lanzó un ataque sobre las enseñanzas de Teodoreto que probablemente había elaborado el borrador del compromiso, y que ahora era el líder teológico de la escuela de Antioquia. Dióscoro, el sucesor de Cirilo, lideró la oposición a la enseñanza de que Jesús tenía dos naturalezas. Dióscoro creía que los padres de la iglesia apoyaban abrumadoramente la idea de que sólo había una naturaleza en la persona de Jesús y que Cirilo la había comprometido en un momento de debilidad. Si esto era una forma correcta o no de entender la posición de Cirilo o si él mismo había expuesto la creencia de que Jesús sólo tenía una naturaleza es debatible. En cualquier caso, había cada vez mayor insistencia en la “fórmula de la naturaleza única.”

Eutiques se convirtió en el foco de la controversia. Todos los que se sentían contrariados con el acuerdo de compromiso de 433 y que habían rechazado la idea de las dos naturalezas de Jesús hicieron de Eutiques el símbolo de su posición. Fue denunciado en una reunión del Sínodo permanente de Constantinopla. Esto condujo a discusiones formales que culminaron con la condena y la destitución de Eutiques. En la sesión final Eutiques no se defendió, sino que se limitó a escuchar la sentencia.

No es fácil confirmar con exactitud la doctrina de Eutiques. En un examen preliminar antes del sínodo, declaró que el Señor Jesucristo después de nacer poseía una única naturaleza, la de Dios encarnado y convertido en hombre. Eutiques rechazaba la idea de las dos naturalezas por ser contraria a las Escrituras y a las opiniones de los Padres. Sin embargo, suscribía la idea del nacimiento virginal y afirmaba que Cristo era simultáneamente perfecto Dios y perfecto humano. Su opinión básica parece ser la de que había dos naturalezas antes de la encarnación, una después.

Aparentemente Eutiques no era un pensador muy claro y preciso. Sin embargo, históricamente sus ideas constituyeron los fundamentos de un movimiento que enseñaba que la humanidad de Jesús estaba tan absorbida por la deidad que quedaba prácticamente eliminada. En efecto, el Eutiquianismo era una forma de Docetismo. Era una variante de la interpretación de la naturaleza como una fusión de la deidad y la humanidad de Jesús en algo bastante diferente, una tercera sustancia, algo así como un híbrido. Puede que fuera esto lo que sostuviera el mismo Eutiques, aunque su pensamiento fuera confuso (al menos en su forma de expresarlo). En 449, una reunión del concilio en Éfeso readmitió a Eutiques y le declaró ortodoxo. Al mismo tiempo, la idea de que hubiera dos naturalezas después de la reencarnación fue considerada anatema. Este concilio se ha llegado a conocer como el “Sínodo ladrón.”

Sin embargo, el Sínodo ladrón no se había llevado a cabo bajo la autoridad imperial adecuada. La sucesión de un nuevo emperador más afín con la posición de que Jesús tenía dos naturalezas condujo a la convocatoria de otro concilio, en Calcedonia en 451. Este concilio confirmaba el Credo de Nicea y emitía una declaración que iba a convertirse en estándar para toda la cristiandad. Sobre la relación entre las dos naturalezas, esta declaración habla de: