En los primeros periodos de la Iglesia, se decía relativamente poco del Espíritu Santo. Un primer énfasis era el que hablaba del Espíritu como fuerza motora y guía para producir la Biblia, la Palabra de Dios. Orígenes, por ejemplo, dice que la Biblia fue “escrita por el Espíritu Santo”. En ese momento se suponía que todo lo que había en la Biblia se había transmitido mediante la obra especial del Espíritu Santo. La idea general era que las Escrituras no sólo carecían de errores, sino que no tenían nada que fuera superfluo. Aunque no se proponía una teoría de la inspiración completa, había una serie de teologías cristianas que apoyaban el punto de vista de Filo y de otros judíos alejandrinos de que los autores de las Escrituras prácticamente habían sido poseídos por el Espíritu Santo mientras las escribían. El apologista Atenágoras, por ejemplo, describía a los profetas como personas caídas en una especie de éxtasis, con el Espíritu Santo soplando a través de ellos como un músico a través de una flauta. No obstante, este es un ejemplo un tanto extremo de creencia de la iglesia primitiva. La mayoría de los Padres tuvieron mucho cuidado en evitar cualquier sugerencia de un papel puramente pasivo de los escritores. Agustín, por ejemplo, resaltó la idea de que los autores utilizaran sus propios recuerdos de los hechos que habían sucedido. El papel del Espíritu Santo fue el de estimular esos recuerdos y preservarlos del error.

A finales del siglo dos se iba poniendo un énfasis creciente en la divinidad del Espíritu Santo. Clemente de Roma coordinó los tres miembros de la Trinidad en un juramento: “como vive Dios, y el Señor Jesucristo vive y vive el Espíritu Santo.” De la misma manera preguntó: “¿No tenemos un solo Dios, un solo Cristo y un único Espíritu de gracia derramando sobre nosotros?” Tertuliano llamó al Espíritu Santo Dios, resaltando que hay una sustancia que el Hijo y el Espíritu comparten, por así decirlo, con el Padre. Sin embargo, en Pablo de Samosata encontramos la enseñanza de que el Espíritu era únicamente un nombre para designar la gracia que Dios vertió sobre los apóstoles. Ireneo, en el siglo II, consideró el Espíritu prácticamente como un atributo de Dios, identificándole con la sabiduría divina. Por medio de él los profetas profetizaron y mediante él los hombres fueron hechos justos. Orígenes se alejó todavía más del concepto del Espíritu Santo como parte de una Trinidad ontológica. Afirmó que el Espíritu Santo es “el ser más honorable de todos los que existen por medio de la Palabra, el primero en rango de todos esos seres que fueron originados por el Padre mediante Cristo,” una idea no muy diferente de la posterior creencia arriana sobre el Hijo. Aunque insistió en una Trinidad y resaltó que hay tres hipóstasis distintas, Orígenes las distinguió de forma tan radical que algunos consideraron su teoría como próxima al triteísmo. Además, habló de una subordinación del Hijo y del Espíritu al Padre, que les trasciende tanto, si no más, de lo que ellos trascienden el ámbito de los seres inferiores.

En cierto sentido, la elaboración de toda una comprensión doctrinal del Espíritu Santo, especialmente en relación con el Padre y el Hijo, era un acompañamiento y un subproducto del trabajo cristológico hecho en los siglos IV y V. Era natural, ya que la cuestión de la deidad del Espíritu en cierto sentido contenía dentro de sí la divinidad del Hijo. Porque si podía haber una segunda persona divina, podía haber con la misma facilidad una tercera.

Desde los tiempos de Orígenes, la reflexión teológica sobre la naturaleza del Espíritu Santo iba por detrás de la práctica devocional. Se reverenciaba el Espíritu, pero seguía sin estar claro su auténtico estatus. Arrio había hablado del Espíritu Santo como de una hipóstasis, pero consideraba su esencia completamente distinta de la del Hijo así como la del Hijo era completamente distinta de la del Padre. Eusebio de Cesarea habló del Espíritu “en el tercer puesto”, “un tercer poder” y “tercero de la Causa Suprema”. Seguía la exégesis de Orígenes de Juan 1:3, argumentando que el Espíritu es “una de las cosas que existe a través del Hijo”.

Atanasio se inspiró para exponer sus ideas, en particular, gracias a los escritos de algunos a los que él denominaba “Tropici”, un nombre derivado de la palabra griega 'tropos', que significa “figura”. Estas personas practicaban una exégesis figurativa de las Escrituras, que no era una práctica inusual en aquellos tiempos. Ellos mantenían que el Espíritu era una criatura que había sido creada de la nada. Específicamente, le consideraban un ángel; sin duda el ángel de más alto rango, pero no obstante, uno de los “espíritus ministradores” a los que hace referencia Hebreos 1:14. Se le tiene que considerar “distinto en sustancia” ('heteroousios') respecto al Padre y al Hijo. Los "Tropici" citaban textos de prueba para apoyar sus puntos de vista: Amós 4:13 (“Ciertamente el que crea los montes y forma el espíritu); Zacarías 1:9 (“Y el ángel que estaba conmigo me respondió”) y 1 Timoteo 5:21 (“Te encarezco delante de Dios, del Señor Jesucristo y de sus ángeles escogidos”).

Atanasio respondió con vigor al punto de vista de los Tropici, insistiendo en que el Espíritu es completamente divino, consustancial con el Padre y el Hijo. Su argumentación contiene varios elementos. Primero fue una refutación de la exégesis incorrecta de los Tropici. Después procedió a demostrar que las Escrituras enseñan claramente que el Espíritu “pertenece y es uno con la Divinidad que está en la Triada”. Argumenta que dado que la Triada es eterna, homogénea e indivisible, el Espíritu, como miembro de la misma, debe ser consustancial con el Padre y el Hijo. Además, debido a la cercana relación existente entre el Espíritu y el Hijo, el Espíritu debe pertenecer en esencia al Hijo, de la misma manera que el Hijo pertenece al Padre. Finalmente, el Espíritu tiene que ser divino porque es él el que nos hace “participantes de Dios” (1 Co. 3:16-17 – el Espíritu que está en nosotros nos convierte en el templo de Dios). En consecuencia, se tiene que reconocer que el Espíritu tiene la misma naturaleza que el Padre y el Hijo, y hay que darle el mismo honor y alabarle de la misma manera.

Sin embargo, seguía habiendo diversidad de teorías. Hacia el 380, Gregorio Nacianceno comentó en un sermón que existían diferentes creencias sobre el Espíritu Santo. Algunos, decía, consideraban que era una fuerza; otros le percibían como una criatura; otros creían que era Dios. Y, debido a la vaguedad de las Escrituras sobre el tema, otros se negaban a comprometerse con el tema. Incluso entre los que pensaban que el Espíritu Santo era Dios, unos lo mantenían como una opinión privada, otros lo declaraban abiertamente y un tercer grupo opinaba que las tres personas de la Trinidad poseían divinidad en distinto grado.

Entre los grupos cristianos los más radicales sobre este tema fueron los macedonios o los pneumatomaquianos (“luchadores contra el Espíritu”). Estas personas se oponían a la doctrina de la divinidad completa del Espíritu Santo. No obstante, Basilio, en "De Spiritu Sancto" en 375 insistió en que había que ofrecer al Espíritu Santo la misma gloria, honor y alabanza que se ofrecía al Padre y al Hijo. Basilio insistía en que se le debería considerar “con ellos”, no “por debajo de ellos”. No llamó textualmente al Espíritu Dios, pero dijo que “glorificamos al Espíritu con el Padre y el Hijo porque creemos que no es ajeno a la naturaleza divina”. Desde el punto de vista de Basilio, la grandeza de la acción del Espíritu y la cercanía de su relación y obra con la del Padre y el Hijo son las claves principales para entender su estatus.

Había grupos carismáticos durante este primer periodo de la historia de la iglesia. Los más destacados fueron los montanistas, que tuvieron su auge en la última mitad del siglo segundo. El día de su bautismo, Montano habló en lenguas y empezó a profetizar. Declaró que el Paracleto, el Espíritu Santo prometido por Jesús, se expresaba a través de él. Se creía que Montano y dos de sus discípulas eran los portavoces del Espíritu Santo. Entre sus numerosas profecías se encontraba la de que la segunda venida de Cristo estaba próxima. Los montanistas creían y enseñaban que sus profecías clarificaban las Escrituras y que continuarían surgiendo profetas inspirados por el Espíritu dentro de la comunidad cristiana. Afirmando estar transmitiendo una orden del Paracleto, declararon que un segundo matrimonio era pecado. En un tiempo en el que las prácticas de la iglesia se habían empezado a relajar un tanto, dentro del movimiento montanista se hacía hincapié en un alto estándar de vida cristiana. Se aseguraron su convertido más famoso cuando Tertualiano se hizo montanista. Un movimiento posterior de características similares fue el Novatianismo, que tuvo su auge de mediados del siglo tercero en adelante. Este grupo compartía con el Montanismo una preocupación profunda por la moralidad. Sin embargo, no le daba tanta importancia a la profecía. Ninguno de estos grupos tuvo un efecto duradero en la iglesia.

Durante el periodo medieval se dio poca importancia al Espíritu Santo. En parte esto se debió al relativo desinterés por el aspecto experimental de la vida cristiana, que es, por supuesto, el dominio especial del Espíritu Santo. El tema principal que surge en este periodo es el de la inserción de la palabra 'filioque' en los credos. Esta adición, originalmente se vio como una manera de refutar el Arrianismo: el Espíritu Santo procede del Padre y del Hijo. Se fue haciendo oficial gradualmente, el proceso se completa prácticamente en occidente hacia el siglo IX. Sin embargo, las iglesias orientales, ponen objeciones a esta palabra. Señalan que Juan 15:26 habla de que el Espíritu sólo procede del Padre; no del Hijo también. La forma original del credo de Nicea no contenía las palabras “y el hijo” que fueron un añadido occidental. Es más, las iglesias orientales basan su rechazo de la palabra 'filioque' en el concepto de 'monarchia' (“gobierno único”) del Padre; él es la fuente única, la raíz y la causa de la divinidad. Podrían suscribirse a una declaración que dijese que el Espíritu procede “del Padre a través del Hijo”, pero no a una frase que diga que procede “del Hijo”. En consecuencia, al final se separan de las iglesias occidentales. Aunque la controversia 'filioque' fue el punto doctrinal citado, con toda probabilidad no fue realmente el tema significativo que dividió a oriente de occidente.

La Reforma no produjo ningún cambio importante en la doctrina ortodoxa del Espíritu Santo. Lo que encontramos son elaboraciones y expansiones de la formulación anterior. En el pensamiento de Lutero, por ejemplo, encontramos la idea de la “infusión de amor” del Espíritu Santo en el corazón del creyente. En sus primeras formulaciones, la idea de Lutero era bastante similar a la de Agustín. Esto no sorprende, porque Lutero había sido un monje agustino. La infusión del amor del Espíritu apuntaba, por una parte, hacia la presencia de Dios en la vida del individuo, lo que traía como resultado una conformidad entre la voluntad de Dios y la voluntad humana. El concepto de Lutero también señalaba hacia la lucha del Espíritu Santo contra la naturaleza pecadora que todavía permanece dentro del individuo.

La contribución especial que hizo Juan Calvino a la discusión de la doctrina del Espíritu Santo fue en el área de la autoridad de las Escrituras. ¿Cómo sabemos que realmente fueron inspiradas divinamente, y que por lo tanto su mensaje procede de Dios? La respuesta de la Iglesia Católica es que la Iglesia certifica la divinidad de las Escrituras. Aunque la respuesta de Calvino adopta distintas formas, el testimonio del Espíritu es su punto central. No es el testimonio de la Iglesia, ni la fuerza de otras evidencias externas, sino el testimonio interior del Espíritu Santo el que al final establece la base para que confiemos en la naturaleza divina de la Biblia.

Calvino insiste en que el testimonio del Espíritu Santo es superior a la razón. Es una obra interna que captura las mentes de los que escuchan o leen las Escrituras, produciendo la convicción o la certeza de que es la Palabra de Dios lo que están escuchando o leyendo. Esto es una segunda obra del Espíritu Santo respecto a las Escrituras. Él, que originalmente inspiró a los profetas y apóstoles para que escribiesen las Escrituras, ahora penetra en nuestros corazones, convenciéndonos de que estas Escrituras son realmente la Palabra de Dios y por lo tanto son la verdad. Crea certeza, eliminando cualquier duda que pueda surgir.

Calvino fue muy cuidadoso al resaltar la unión de la Palabra y el Espíritu. Algunos esperaban que el Espíritu Santo funcionara independientemente de las Escrituras, y esperaban que el Espíritu Santo trajera nuevas revelaciones. Pero Calvino recordó a sus lectores las palabras de Jesús en Juan 14:26, el Espíritu no derramaría una verdad nueva sobre los discípulos, sino que les iluminaría e imprimiría en ellos las palabras de Jesús.

Donde pone John Wesley su mayor énfasis en lo que se refiere al Espíritu Santo es en el tema de la santificación. Habla de una obra especial de santificación, que se produce completamente en un momento dado. La obra instantánea de santificación, que es algo totalmente distinto a la conversión/regeneración que sucede al principio de la vida cristiana, es algo que debe esperarse y buscarse. Aunque Wesley no utilizó la terminología “bautismo del Espíritu Santo”, consideraba este suceso como un acto especial del Espíritu Santo bastante similar a lo que los Pentecostales más tarde denominarían “el bautismo”. Al contrario que Lutero y Calvino, Wesley hablaba de lo que los creyentes mismos podían hacer para que se llevara a cabo la obra del Espíritu.

El interés por el Espíritu Santo tuvo un gran periodo de declive durante los siglos XVIII y XIX. Esto se debió a un gran número de movimientos, cada uno de los cuales a su manera consideraba que el Espíritu y su obra eran o superfluos o poco creíbles. Uno de estos movimientos fue el Escolasticismo protestante. Se encontraba en el Luteranismo, y particularmente en una rama que derivaba su inspiración de los escritos de Felipe Melanchton. Como se produjeron una serie de discusiones doctrinales, surgió la necesidad de definir y refinar creencias de forma más específica. En consecuencia, se comenzó a pensar en la fe más como una doctrina correcta. Se desarrolló una visión más mecánica del papel de las Escrituras y en consecuencia el testimonio del Espíritu tendía a ser evitado. La Palabra por sí misma, sin el Espíritu Santo, se consideraba la base de la autoridad. Como la creencia, en lugar de la experiencia, solía considerarse la esencia de la religión cristiana, cada vez se descuidaba más al Espíritu Santo. La doctrina del Espíritu Santo rara vez se trataba como un tema distintivo. Su obra con frecuencia se trataba en breves añadidos a las discusiones sobre la persona y obra de Cristo.

Un segundo movimiento fue el Racionalismo. La razón humana se estableció como el estándar supremo. Inicialmente, se creía que la razón podía justificar todas las creencias del cristianismo. Sin embargo, esa idea se fue modificando gradualmente hasta llegar al principio de que sólo se pueden creer aquellas cosas que se puedan establecer mediante prueba racional. Este nuevo énfasis sobre la razón significó, por ejemplo, que el concepto de Dios se hizo mucho más general de lo que había sido anteriormente. Lo que podemos saber de Dios por religión natural (o sea, sin revelación especial) está bastante vacío de detalles. Que Dios es trino, que hay un Espíritu Santo divino, no se puede probar mediante un examen de la naturaleza. Además otro aspecto a tener en cuenta es que se empieza a considerar a Dios muy alejado de la vida humana. A medida que creció este deísmo, contradijo directamente o al menos restó importancia a la imagen bíblica de Dios como alguien muy implicado con la humanidad. Según esto, la doctrina del Espíritu Santo, que es el canal particular de relación entre Dios y los humanos, fue bastante dejada de lado.

El tercer movimiento de este periodo que tendía a suprimir el hacerse preguntas sobre el Espíritu Santo fue el romanticismo. Aunque el romanticismo presta mucha más atención al campo del espíritu por encima de lo que es lo estrictamente intelectual, la doctrina del Espíritu Santo sufrió con la llegada del romanticismo. Porque el romanticismo en religión, tal como lo expuso Friedrich Schleiermacher, decía que la religión no es un asunto de creencias (doctrinas) o de comportamiento (ética). No se trata de recibir y examinar las doctrinas ofrecidas por una autoridad externa. Más bien, son los sentimientos los que constituyen la esencia de la religión, y específicamente, el sentimiento de la dependencia absoluta. Con este cambio en el enfoque de la religión desde la creencia al sentimiento, las doctrinas como tales tienden a ser redefinidas o a perderse. Por ejemplo, Schleiermacher definió al Espíritu Santo como “la unión vital de la comunión cristiana como una personalidad moral”.

A pesar de estos movimientos, hubo sectores del cristianismo que prestaron mucha atención al Espíritu Santo. En particular, los revivalistas de la frontera oeste americana dieron gran importancia a la conversión y a la inmediatez de la experiencia. La necesidad de tomar una decisión definitiva de aceptar a Cristo estaba principalmente en la mente de aquellos que escucharon a los revivalistas. El arrepentimiento y la conversión eran palabras clave en este enfoque hacia la fe cristiana. Y como el Espíritu Santo es el que lleva a cabo el arrepentimiento y el nuevo nacimiento, no se le puede pasar por alto en esta forma de religión personal. Sin embargo, en estas reuniones de avivamiento normalmente no se producían obras especiales del Espíritu Santo como se cuentan en el libro de los Hechos. No obstante, había un fuerte aspecto emocional en estas reuniones evangelísticas.

Sin embargo, a finales del siglo XIX se produjo una evolución que iba a dar al Espíritu Santo, al menos en algunos círculos, casi el lugar más destacado en la teología. Hubo algunos casos de hablar en lenguas o glosolalia en Carolina del Norte ya en 1896. En Topeka, Kansas, Charles Parham, el director de una pequeña escuela bíblica, pidió a sus alumnos que estudiaran el bautismo del Espíritu Santo durante su ausencia. Cuando Parham regresó, la conclusión unánime fue que la Biblia enseña que tiene que haber un bautismo del Espíritu Santo posterior a la conversión y al nacimiento nuevo, y que el hablar en lenguas es el signo de que se ha recibido ese don. El 1 de enero de 1901, una estudiante, Agnes Ozman, pidió que Parham le pusiese las manos sobre la cabeza según la manera bíblica. Al hacer esto y orar, según su propio testimonio, el Espíritu Santo cayó sobre ella y oró sucesivamente en varias lenguas desconocidas para ella. Otros del grupo también recibieron el don. Esto, a juicio de algunos historiadores de la Iglesia, fue el principio del movimiento pentecostal.

Sin embargo, el verdadero lanzamiento del movimiento pentecostal se produjo en las reuniones organizadas por un predicador de la santidad, que era de color, William J. Seymour. Como estas reuniones tenían lugar en una antigua iglesia metodista en el 312 de la calle Azusa de Los Angeles, se las conoce como las reuniones de la calle Azusa. Desde este inicio, el fenómeno pentecostal se extendió por todo Estados Unidos y otros países, principalmente Escandinavia. En estos últimos años, el pentecostalismo de este tipo se ha convertido en una fuerza importante en Latinoamérica y otros países en vías de desarrollo.

Durante muchos años el movimiento pentecostal fue un factor relativamente aislado dentro del cristianismo. Se le encontraba principalmente en denominaciones compuestas en su mayoría por personas procedentes de clases socio-económicas bajas. A veces sus prácticas eran bastante espectaculares, incluso no sólo hablaban en lenguas muchos de los que pertenecían a algún grupo determinado, sino que hacían curaciones por fe o exorcismos de demonios. Tales prácticas estaban en claro contraste con los cultos de alabanza de las principales denominaciones.

Sin embargo, a principio de la década de los años 1950 esto empezó a cambiar. En algunos lugares que antes eran prácticamente impensables, se empezó a practicar la glosolalia. En iglesias episcopales, luteranas, e incluso católicas, se puso énfasis en las manifestaciones especiales de la obra del Espíritu Santo. Había diferencias significativas entre este movimiento, que se podría llamar Neopentecostalismo o carismático, y la línea tradicional del Pentecostalismo que había surgido a principios del siglo XX y que sigue hasta nuestros días. Aunque esta última ha formado grupos denominacionales definidos cuyos miembros pertenecen en su gran mayoría a clases económicas bajas, el Neopentecostalismo es más un movimiento transdenominacional, cuyos miembros proceden principalmente de clases sociales medias o medias altas. Según las clasificaciones de H. Richard Niebuhr, el Pentecostalismo probablemente sería considerado una “secta” y el Neopentecostalismo una “iglesia”. Los dos grupos se diferencian también en la manera en que practican sus dones carismáticos. En los grupos pentecostales tradicionales, varios miembros podrían hablar u orar en voz alta a la vez. Eso no ocurre con los cristianos carismáticos, algunos de los cuales utilizarían el don sólo en su tiempo de oración privado. Las manifestaciones públicas del don suelen producirse en grupos especiales y no en el culto común de la congregación.

En la década de 1980 comenzó otro movimiento que se denominó a sí mismo como la “Tercera ola” y que hace más hincapié en los dones de curación y de discernimiento espiritual. También insiste en el valor evidencial de los milagros. A esto se le denomina “evangelización de poder”. El movimiento empezó con una clase sobre “señales y maravillas” que ofreció John Wimber en el Fuller Seminary School of World Mission. Ha tomado forma institucional en una red de iglesias que se denomina “La Viña”.