Parte de este malentendido surge de los múltiples usos del término iglesia. A veces se usa con respecto a una estructura arquitectónica, un edificio. Con frecuencia se utiliza para referirse a un cuerpo particular de creyentes; podríamos, por ejemplo, hablar de la Primera iglesia metodista. Otras veces se utiliza para hablar de una denominación, un grupo con unas características distintivas; por ejemplo: la Iglesia presbiteriana o la Iglesia luterana. Además de la confusión generada por los usos múltiples del término iglesia, existen evidencias de confusión a un nivel más profundo: una falta de comprensión de la naturaleza básica de la iglesia.

Entre las razones para esta falta de comprensión está el hecho de que en ningún momento de la historia del pensamiento cristiano la doctrina ha recibido la atención directa y completa que han recibido otras doctrinas. En la primera asamblea del Consejo Mundial de Iglesias que tuvo lugar en Amsterdam en 1948, el sacerdote Georges Florowsky comentó que la doctrina de la iglesia apenas si había pasado su fase preteológica. En contraste, a la cristología y a la doctrina de la Trinidad se les había prestado atención especial en los siglos IV y V, y lo mismo había sucedido con la doctrina de la expiación de Cristo en la Edad Media y la doctrina de la salvación en el siglo XVI. Incluso la controversia entre agustinianos y donatistas de principios del siglo V, y la disputa del siglo XVI sobre los medios de la gracia, aunque trataban aspectos de la naturaleza de la iglesia realmente no se acercaban al tema central de lo que es la iglesia. Colin Williams sugiere que “nunca se prestó mucha atención a la iglesia misma probablemente porque era algo que se daba por hecho”.

Sin embargo, ya no se puede retrasar más la cuestión de la naturaleza de la iglesia. El movimiento ecuménico del siglo XX empujó a la iglesia al centro de la discusión. Aunque hay espacio en el ecumenismo para el desacuerdo con ciertas áreas de la teología, o al menos con ciertos detalles de materias tales como la relación entre la deidad y la humanidad de Jesús, el carácter forense de la justificación y la posibilidad de la santificación completa en esta vida, el tema de la naturaleza de la iglesia no se puede ignorar. Porque la principal preocupación del movimiento ecuménico es la relación entre las iglesias.

Hay otras razones por las cuales es muy importante definir cuidadosamente la naturaleza esencial de la iglesia. John Macquarrie señaló que la iglesia era un tema del que se escribía mucho en su tiempo:

"Probablemente se ha escrito más sobre la Iglesia en la actualidad que sobre cualquier otro tema teológico. La mayoría de los escritos tienen una orientación práctica. Oímos hablar sobre la iglesia en relación con el rápido cambio social, la iglesia en una sociedad secular, la iglesia y el culto, la Iglesia en las misiones. Pero, sin embargo, por valiosos que sean algunos de los conocimientos que se adquieren en los distintos campos, es necesario que estén guiados y relacionados con un entendimiento teológico de la Iglesia".

Macquarrie atrae la atención sobre el hecho de que muchas de las discusiones sobre la iglesia tratan de sus relaciones con las otras entidades, por ejemplo, con la sociedad secular. En el momento actual, el enfoque de la mayoría de esta literatura no es la iglesia en sí, sino las otras entidades. Es hora de dar la vuelta a esta tendencia, porque si no entendemos de forma clara cuál es la naturaleza de la iglesia, no podemos entender su auténtica relación con estas otras áreas.

El énfasis en materias tales como el cambio social y la misión más que en la iglesia misma se debe en parte a un cambio general hacia una mentalidad secular. Para decirlo de otra manera: ha habido un cambio importante en la forma en que se ve a Dios; se da más importancia a su inmanencia que a su trascendencia. Ya no se le ve relacionándose con el mundo sólo a través de la actuación de su institución sobrenatural, la iglesia, sino relacionándose dinámicamente con el mundo a través de muchas vías e instituciones. El énfasis se pone en lo que Dios está haciendo, no en cómo es. En consecuencia, se presta más atención a la misión de la iglesia que a su identidad o a sus límites.

Tradicionalmente se pensaba que la iglesia era algo distinto del mundo, algo contrapuesto a él y destinado a transformarlo. En la forma más completa y desarrollada de esta idea, la iglesia es la depositaria de la gracia y el mundo podía recibir esta gracia y transformarse sólo con unirse a ella y recibir sus sacramentos. En una forma más protestante, esta teoría mantiene que la iglesia posee el evangelio, las buenas nuevas de la salvación, y que el mundo, que está perdido y separado de Cristo, se puede salvar o reunir con él sólo escuchando ese evangelio, creyendo y siendo justificado y regenerado. Sin embargo, ahora se ve a Dios obrando directamente en el mundo, fuera de las estructuras formales de la iglesia, y cumpliendo su propósito incluso mediante las personas y las instituciones que no se declaran abiertamente cristianas, lo cual da como resultado en parte una concepción alterada de la naturaleza y los medios de salvación.